Pyramidのわだい。
SQLAlchemyがいじわるな子になっている件。
掲題のエラーが出るんですよ。

全体感としては、
models.mymodel.pyの中で

Base = declarative_base()
MyModel(Base)

こう。MyModelクラスを切っておき、他のファイルの各モデルクラスがMyModelを継承するというかんじ。
models.employee.pyには

class Employee(MyModel):

こういうのがいますという形。
なんてことないというか、以前これで普通に使えていたはずなんだけどナーというところですが
sqlalchemy.exc.NoForeignKeysError: Can’t find any foreign key relationships between ‘models’ and ‘employee’.

むむむ。なんだよ。リレーションなんて張らないよ。継承元でしかないんだけどどういうことなの。

手当たり次第にぐぐります。

そして発見

if you want your NewBase to be a descendant of Base, then you’d need to put __abstract__=True on it. But if these cols are global to everyone you could make it the superclass of your declarative Base also by passing it as “class_” to declarative_base().
the naming conventions recipe is another way to go too.

新しいBase(たぶんdeclarative_baseのことなんだろう)を使うときは、__abstract__を使ってみてとある。
なんすかそれは。
入れてみますと、これが当たりでした。

こうするとよいということですね。

class MyModel(Base):
    __tablename__ = 'models'
    __abstract__=True
    id       = Column(Integer, primary_key=True)
    status   = Column(Integer, default=1)
    created  = Column(DateTime, default=datetime.datetime.now)
    updated  = Column(DateTime, default=datetime.datetime.now)

    def __init__(self, name, value):
        self.name = name

あ、えーとPEP8違反(=の両脇にスペースたくさん入れるのNG)の記述になってます。すいません。
PyCharmもあまりにこれガミガミ言うんで警告出さないようにしちゃった。すいません。
=の位置が揃ってないと気持ち悪いんだよ。